コードを新しく書き換えてもgithubでコミットするときに反映したくないファイルについては、 gitignoreという名前のファイルを作って記述することで反映させないようにすることが出来ます。
例えば、testフォルダの中のtest.phpを反映させたくないときは、
test/test.php
とします。 また、testフォルダの中のファイル全てを反映させたくないときは、
test/
と記述します。 gitignoreファイルを隠しファイルするときは、先頭に「.」をつけて以下のようにします。
.gitignore