例えば、「Electron アプリのウィンドウサイズ&ポジションを復元する」
http://qiita.com/Linda_pp/items/a81e1fd34951ae7d2dc4
にあるように、
var info_path = path.join(app.getPath("userData"), "bounds-info.json");
にウィンドウ位置及びサイズを保存した際には、
Windowsだと
C:\Users\【ユーザー名】\AppData\Roaming\【パッケージ名】\bounds-info.json
Macだと
/Users/【ユーザー名】/Library/Application Support/【パッケージ名】\bounds-info.json
にファイルが保存されるようになります。
参考
http://qiita.com/progre/items/2718f4ad20eecf27d599