MySQLでcollationのデフォルトを指定する場合、character-set-serverも一緒に指定しないとMySQLが起動しなくなります。
/etc/my.cnf
[mysqld] character-set-server=utf8 collation-server=utf8_unicode_ci
http://stackoverflow.com/questions/3513773/change-mysql-default-character-set-to-utf-8-in-my-cnf