git で submodule を利用する場合、git submodule update を行っても、git submodule init した状態までしかコミットが反映されません。以下のようにローカルを最新の状態にしてコミットしておくことにより、追随させることができます。
git submodule foreach git pull origin master git add . git commit -m "update submodule" . git push origin master