diffコマンドでsvnやgitと言ったフォルダを除外する方法です。
diff -qrb --exclude=.svn --exclude=.git --exclude=.classpath --exclude=.gitattributes --exclude=.gitignore --exclude=.project --exclude=.settings --exclude=.tomcatplugin $WORKSPACE/hoge $WORKSPACE/hoge-last >> $WORKSPACE/result.txt