mt:SubCategoriesで生成されるサブカテゴリーリストの表示順序を変えたいと思って調べたところ、MT5.1よりsort_byモディファイアが追加になっていました。
初期値がsort_by="user_custom"で設定されているため、管理画面の「ブログ記事」＞「カテゴリ」で表示している順序通りに表示することができます。
変更したい場合はこの管理画面からマウスで動かし順序を変更し「変更を保存」後、再構築することで反映されます。
こちらでほとんどの場合事足りると思いますが、その他にも下記の値が設定できるようです。
labelカテゴリ名description説明basename出力ファイル/フォルダ名created_on作成日modified_on更新日user_custom管理画面の並びかえ順（初期値）
