ヘッダー部分の表示はjetspeed-header.vmのテンプレートを使用しています。 ページの設定のアイコンをアプリ配置権限が無い場合表示させないようにするには$!tab.Authorityを使って分岐させます。
#foreach ( $tab in $tabs ) #set($selected = $tab.Link && ($tab.isSelected() == true)) <li #if ($tab.isSelected() == true)class="current"#end><a href="$tab.Link" class="name" title="$tab.Title">$tab.Title</a>#if ($!tab.Authority)<a href="javascript:void(0)" id="menubar_button_tab_$!{tab.Id}" onclick="aipo.customize.showMenuForTab('tab_$!{tab.Id}');" onmouseover="dojo.addClass(this, 'customizeMenuIconMouseenter');" onmouseout="dojo.removeClass(this, 'customizeMenuIconMouseenter');" class="setting toggle" title="ページ設定"><i class="icon-cog"></i></a>
$!tab.Authorityの値は以下のメソッドの戻り値がセットされていて、これはアプリ配置の一覧の権限があるかどうかの値になります。
ALEipUtils.getHasAuthority( rundata, context, ALAccessControlConstants.VALUE_ACL_LIST);