BelongsToManyのアソシエーションを組んでいるArticlesとTagsに対して特定の記事とタグの間に新規にアソシエーションを組みたい場合、 以下のようにすると良いです。
$article = $this->Articles->get($article_id); $tag = $this->Tags->get($tag_id); $this->Articles->Tags->link($article, [$tag]);
これで$article_idをもつArticleと$tag_idをもつTagのアソシエーションのリンクが追加されます。