RDS でクエリを強制終了させる

RDSはデータベースのroot権限をもらえないので、RDS独自のプロシージャが用意されています。

CALL mysql.rds_kill(thread-ID)
CALL mysql.rds_kill_query(thread-ID)

Appendix: Common DBA Tasks for MySQL – Amazon Relational Database Service を参考にしてみるとよいでしょう。