SSL証明書はおおよそ以下の3つのファイルが必要です。
・キー (domain.key)
・SSL証明書 (domain.crt)
・中間証明書 (ca.crt)
JavaでのSSLの使用はkeystore(JKS)というApacheのものとは
違った形式のものを使用するため変換をおこないます。
openssl pkcs12 -export -in domain.crt -inkey domain.key -out domain.p12 -certfile ca.crt keytool -importkeystore -srckeystore domain.p12 -srcstoretype PKCS12 -destkeystore domain.keystore -deststoretype JKS
出力された「domain.keystore」をTomcatなどで使用します。
もっともAPRなどを使えるのであればそのままApache形式のものを使用できるんですけどね。