以前 https://hacknote.jp/archives/1090/ のエントリーで触れましたが、Eclipseで見に行くjarファイルは.classpathに記載されている内容、mvn installコマンドで見に行くjarファイルはpom.xmlに記載されているものになります。
なのでpom.xmlを新しくしたら.classpathもよろしく新しくする必要があります。
mvn eclipse:eclipse
でclasspathが書き換わりますが、
mvn -DdownloadSources=true eclipse:eclipse
と書くと、関連するjarファイルのダウンロードも行ってくれます。
まあ、pom.xmlを書き換えて
mvn install
を実行すればわざわざダウンロードし直す手間もないかと思いますが。。。