使い方のページを見てもうまく動かない…とずっと悩んでいましたが、
<script src="//ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.11.0/jquery.min.js"></script> <script src="//netdna.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.1.1/js/bootstrap.min.js"></script>
jqueryとbootstrap本体jsを読み込むだけではなく、
その下で
<script type="text/javascript"> $("[data-toggle=tooltip]").tooltip() $("[data-toggle=popover]").popover() </script>
とtooltipとpopoverを指定する必要がありました。
これでtooltipとpopoverが動くようになります。