5.5以降であれば
mysql> flush slow logs;
でいけるんですが、5.1だとありません。
しかしバイナリログとか使ってる場合 mysqladmin flush-logs をやるとそっちも切り飛ばしてしまうのでまずい場合があります。
そのため以下のコマンドで無効、有効で擬似的にflushもどきをおこなえます。
mv /path/to/log/mysqld-slow.log /path/to/log/mysqld-slow-`date "+%Y%m%d%H%M%S"`.log mysql> SET GLOBAL slow_query_log = 'OFF'; mysql> SET GLOBAL slow_query_log = 'ON';