<>、!=、NOT IN等の否定形を用いると、演算子の対象のカラムにインデックスを貼っても作用されなくなります。レコード数が少ないテーブルであれば特に問題にはなりませんが、レコード数が膨大になりインデックスを使わなければならない時には処理が遅くなりかねません。
例:
☓ WHERE col NOT IN (4,5,6) ○WHERE col < 4 OR col > 6
参考:
http://qiita.com/wcareer/items/a0b690cfcfcd92aabf92
http://ichy.seesaa.net/article/2451228.html
