brew services stop mysql
すると以下のように停止した旨がターミナルに表示されます。
==> Successfully stopped `mysql` (label: homebrew.mxcl.mysql)
たまに実際にはまだ停止完了してないケースがあるようです。
その時には
ps auxww | grep mysql
でプロセスを確認して、ログの中身をチェックします。
--log-error=/usr/local/var/mysql/hoge-no-iMac.local.err
ログファイルに
2017-02-06T09:38:14.047336Z 0 [Note] /usr/local/Cellar/mysql/5.7.17/bin/mysqld: Shutdown complete
みたいなのが書いてあれば停止完了となります。
問題になるのはMySQLの再起動をしてもうまくいかない場合で、Homebrew側のSTOPシグナルを受け取っても実際にはSTOPしてない状態でSTARTしようとするっぽくて、うまく再起動いかないことがあるっぽいです。