PHPからファイルをunlink関数が使えます。
unlink ファイル名
Zipする場合はZipArchiveクラスがありますが、外部コマンドでzipした方が早いかもしれないです。
OS Linux exec(zip hogehoge)
zipArchiveクラスを使う場合は
$zip = new ZipArchive();
$res = $zip->open('hoge.zip', ZipArchive::CREATE);
$zip->addFile('hoge.txt');
$zip->close();
という形でzip化していきます。
