CentOSにインストールしたnagiosでcheck_log3.plプラグインなどでファイル操作系をしたい場合、以下のようにして権限設定を行います。
# visudo Defaults:nagios !requiretty nagios ALL=(ALL) NOPASSWD: /usr/lib64/nagios/plugins/check_log3.pl
設定がうまく反映されているかはnagiosユーザーになってから
sudo /usr/lib64/nagios/plugins/check_log3.pl -l /var/log/httpd/error_log -s /var/log/httpd/error_log.seek -p error
みたいなコマンドを実行してレスポンスが返ってくればOKです。