nginx+php-fpmでサーバを動かした時にphp-fpmの権限エラーで弾かれることがありますが、php-fpm自体のエラーを見た所このようなエラー文がありました。
ERROR: An another FPM instance seems to already listen on /var/run/php-fpm/php-fpm.sock
もうすでに何らかの読み込みが抜けていないために設定を変えてもうまくいかないらしい?なのでこの場合はphp-fpmをreloadすれば問題なく動きます。
service php-fpm reload