https://hacknote.jp/archives/16170/
に書いてある対応をしますが、
/Library/Developer/CommandLineTools
のパス自体が見つからない場合、CommandLineToolsを以下のコマンドでインストールし直します。
xcode-select --install
参考
http://stackoverflow.com/questions/32893412/command-line-tools-not-working-os-x-el-capitan
http://tips.tutorialhorizon.com/2015/10/01/xcrun-error-invalid-active-developer-path-library-developer-commandline-tools-missing-xcrun/