スマートじゃない方法なのですが、他に方法が見つけられなかったため、致し方なく以下のようにしました。。
<?php //(1)投稿数カウントに含めたくないカテゴリーの数値を取得 $thisCat = get_category(6); $exclude_posts = $thisCat->count; //(2)全体の投稿数を取得 $published_posts = wp_count_posts()->publish; //(2)-(1)を取得 $published_posts = $published_posts - $exclude_posts; //表示 echo number_format($published_posts); ?>