xcodeでpullできない

xcodeでpullをしようとしたらrepositoryが見つからないとエラーが出たのでディレクトリを削除し、git cloneからやり直そうとした所、認証が通らず、clone出来ませんでした。
コマンドライン上から行おうとしていたのですが、xcode上からcloneすることでcloneすることができました。
コマンドラインでは自動的にSSHキーを読むものが決定されてしまうので使われるべきはずのSSHキーが読まれていないとのことでした。