アプリケーションルートに .ebextenstions/autoscaling.config という以下のファイルを作成します。この設定例の場合は、Elastic Beanstalk が自動作成する AutoScalingGroup の HealthCheckType を ELB に、HealthCheckGracePeriod を 600 秒に変更しています。アプリケーションをデプロイすると自動的に環境に適用されます。
Resources: AWSEBAutoScalingGroup: Type: "AWS::AutoScaling::AutoScalingGroup" Properties: HealthCheckType: ELB HealthCheckGracePeriod: 600
http://docs.aws.amazon.com/ja_jp/elasticbeanstalk/latest/dg/environment-resources.html