https://hacknote.jp/archives/8892/
にあるように引数をもとに条件分岐をさせることが可能ですが、これはインストールの処理の順番でも分岐させることが可能です。
インストーラーの作業の順番はInstallExecuteSequenceに記載されていますが、次のようにして処理を変えることができます。
<InstallExecuteSequence> <?if $(var.isMinor) = true ?> <Custom Action="action1" After="DATASHIFT">NOT Installed</Custom> <?else ?> <Custom Action="action2" After="DATASHIFT">NOT Installed</Custom> <?endif ?> </InstallExecuteSequence>