CSSで下記のように指定することで、chromeでオートコンプリート後に表示される背景色を変更できます。
input:-webkit-autofill {
-webkit-box-shadow: 0 0 0 1000px white inset;
}
white部分を変更することで好きな色に変更できます。
さらにテキストの色も変更したい場合は下記を変更すればいいようです。
-webkit-text-fill-color: yellow !important;
参考：Removing input background colour for Chrome autocomplete?
