my.cnfに
default-time-zone = 'UTC'
などとやると起動したときに変わってくれますが、エラーが出てサーバーが起動できないときがあります。
そうゆうときはmysql.timezoneテーブルの中を覗いてみてください、空だった場合はデータを入れる必要があります。
cd {mysql_home}/bin
./mysql_tzinfo_to_sql /usr/share/zoneinfo > timezone.sql
mysql -uroot -p -Dmysql < timezone.sqlという形でタイムゾーン系のテーブルを初期化できます。
