Condition Messageを使うことで指定した条件を満たすときのみインストールできるようにできます。
簡単な例では既にインストール済みの場合は起動できなくするためには以下の1行を追加します。
<Condition Message="すでにインストールされているため、インストーラを開始できません。"><![CDATA[Installed]]></Condition>
Windowsのバージョンによっては起動できなくすることも可能です。
<Condition Message="対応していないOSです"><![CDATA[VersionNT > 601]]></Condition>
