Windowsに複数のMySQLをインストールする

MySQLをzipで落としてきます。
http://dev.mysql.com/downloads/mysql/

インストールしたい分だけフォルダに配置します。

C:\develop\mysql5.6_1
C:\develop\mysql5.6_2
と仮にします。
それぞれ設定ファイルを直下に配置します。
C:\develop\mysql5.6_1\my.ini
C:\develop\mysql5.6_2\my.ini
ポートがかぶると起動できないのでずらしてください。

"C:\develop\mysql5.6_1\bin\mysqld" --install MySQL1 --defaults-file="C:\develop\mysql5.6_1\my.ini"
"C:\develop\mysql5.6_2\bin\mysqld" --install MySQL2 --defaults-file="C:\develop\mysql5.6_2\my.ini"

でWindowsのサービスに登録されます。