jarファイルからソースを比較する

mkdir -p {left,right}

cd diff/left
jar xvf path/to/left/yourapp.jar
jad -o -r -sjava -dsrc **/*.class

cd -
cd diff/right
jar xvf path/to/right/yourapp.jar
jad -o -r -sjava -dsrc **/*.class

cd -
diff -r left/src right/src

left, rightのフォルダをEclipseのワークスペースにして比較すればグラフィカルに比較できますね。