eclipseで.batなどを開く際に文字化けて表示してしまうことがありますが、使用する文字コードがファイル形式ごとに決まっているのならばデフォルトエンコードを設定することで文字化けを防ぐことができます。 eclipseの設定の一般からコンテンツタイプを選択し、コンテンツタイプ一覧のテキストを選択します。 ファイルの関連付けに.batがなければ追加し、.batを選択してデフォルトエンコードの欄に文字ゴード例えばMS932などを入力し更新を押して完了です。
更新を押す前にOKボタンを更新されないので注意が必要です。