iPhoneの絵文字や UTF-8で4バイトになる文字 に載っている文字などはutf8の4ビット文字でMySQLがutf8mb4に対応していない場合に置換する方法です。
String foo = bar.replaceAll("[^\\u0000-\\uFFFF]", "\uFFFD");
ちなみにDatastoreでのutf8の4ビット文字の取り扱いですが、GAE側ではデータの登録が可能になっています。MySQLで言うところの「utf8mb4」担っている状態です。
ただし、ローカル環境のlocal_db.binではデータの登録ができないようです。(絵文字を登録すると□になってしまうようです)