ALTER TABLEは場合によっては登録済のレコード全てに対して更新が発生します。
そのため、レコード数が多いと、処理に時間がかかることがあります。
進み具合を確認するには
SHOW GLOBAL STATUS LIKE 'Handler_write';
で現在の値を確認したうえで、
ALTER TABLE
を実行して、対象となるテーブルのレコード数分が増える予定なので、
Handler_write
の値を監視します。
GLOBALな変数なので、全てのWrite処理が記録されていくことになるので、複数のデータベースがある場合はすべての更新が記録されていきます。