EclipseでAipoプロジェクトを右クリックすると「Tomcatコンテキスト定義の更新」などが出てきますが、これは
https://github.com/aipocom/aipo/blob/master/.project
で
<natures> <nature>org.eclipse.jdt.core.javanature</nature> <nature>com.sysdeo.eclipse.tomcat.tomcatnature</nature> </natures>
のようにTomcatプロジェクトである、という設定をしているので出てくるようになっています。
新しいプロジェクトを作ってTomcatプロジェクトとして認識されないなと思ったらここを確認してみてください。