Gitにはcore.autocrlfという機能があります。
これはWindowsではCR(キャリッジリターン)とLF(ラインフィード)の2つで改行を表すのに対し、 Mac・LinuxではLFのみで改行を表すという違いによって生じる様々な問題に対処するための機能となっています。
core.autocrlfをtrueにするとコードをチェックアウトするときに 改行コードをLFからCRLFに自動変換してくれます。
コマンドは以下の通りです。
$ git config --global core.autocrlf true
またWindowsにチェックアウトする際はCRLFに自動変換するが、 Mac・Linuxにチェックアウトする際はLFのままにしたい場合は、
$ git config --global core.autocrlf input
とします。
Windowsのみの環境で開発する場合はCRLFのままで、LFに変換する必要がないので
$ git config --global core.autocrlf false
としてもいいかもしれません。