Paginationを利用するとView側に送られてくるエレメントの総数はページ内に収まる総数以内となります。（20件とか）
しかしView側ではクエリにヒットするエレメントの総数を知りたいシーンがあるので、ここではcount($myElements)などではなく以下のようにしてエレメントの総数を取得すると良いです。
$this->Paginator->counter("{{count}}");
他にもpageなど、様々な同様にして利用できます。
詳しくは公式ドキュメントを参照してください。
