CakePHPでテーブル周りの処理をする際に、以下でテーブルをインスタンスとして利用していましたが、Duplicateとなったようです。
$article_table = TableRegistry::get('Articles');
公式のドキュメントの中には上記のやり方を記載している箇所もありますが、
こちらに
$article_table = TableRegistry::getTableLocator()->get('Articles');
書き換えると警告が消えるのでこちらを使用しましょう。