<div class="date"> <span class="month"><$mt:EntryDate format="%m"$></span> <span class="day"><$mt:EntryDate format="%d"$></span> <span class="year"><$mt:EntryDate format="%Y"$></span> </div>
このようにmt:EntryDateのフォーマットを細かく分けそれぞれ別々に出力するようにすると、日付表示を工夫しやすくなります。
まとめて出してしまいがちですが、時には分けてみるのもいいかもしれません。