以前にこちらでmigration fileをbakeする方法を記述しましたが、phpmyadminなどで、先にテーブル構造を変更してから、その差分を埋めるためのマイグレーションファイルを自動でbakeする事もできます。
先に、テーブル構造を変更して、 cakeコマンドが有効なコンソールを開き、 以下のコマンドで差分がbakeされます。
$ cake bake migration_diff
ここで生成されるファイルはMigrationフォルダの最下部に追加されているはずです。
一応きちんと変更が反映されるか、
$ cake migrations rollback
などで差し戻し、
再び
$ cake migrations migrate
などをして確認すると良いと思います。