MySQL5.6はデフォルトの状態だとメモリ消費が激しいようなので こちら側で設定する必要があります。 table_definition_cacheというパラメータがメモリ消費を制御しているので まずはその値をチェックします
mysql> show variables like 'table_definition_cache';
上記のコードを実行して
+------------------------+-------+ | Variable_name | Value | +------------------------+-------+ | table_definition_cache | 1400 | +------------------------+-------+ 1 row in set (0.00 sec)
という結果が得られたので、table_definition_cacheの値は1400であると わかりました。
これを400に変更します。
mysql> set global table_definition_cache=400;
このコードを実行してもう一度パラメータの値を見てみると
mysql> show variables like 'table_definition_cache'; +------------------------+-------+ | Variable_name | Value | +------------------------+-------+ | table_definition_cache | 400 | +------------------------+-------+ 1 row in set (0.00 sec)
400に変更されているのでok