マークダウンのリンク[リンクテキスト](http://URL)
を別ウインドウで開くにはどうすればいいのだろうと、当然そういう記法があるはずだと検索したところ、どうやら普通に<a href="" target="_blank">
のタグで書くしかないようです。
でも代替案として、JavaScriptのコードを仕込むことで、別サイトのリンクが貼られた場合はすべて別ウインドウで開くようにする、ということができるようなのでこれを採用することにしました。
JavaScript
$(document).ready( function () { $("a[href^='http']:not([href*='" + location.hostname + "'])").attr('target', '_blank'); })