Linuxならcp -frpvでいいのですが、Windowsはちょっとオプションが多いです
xcopy %SOURCE% %DEST% /E /V /H /R /Y /I
一応各オプションの意味はこちら /E ディレクトリまたはサブディレクトリが空であってもコピーする /V 書き込んだ各ファイルを検証する /H 隠しファイルやシステム・ファイルもコピーする /R 読み取り専用ファイルを上書きする /Y 受け側の既存のファイルを上書きする前に,確認メッセージを表示しない /I 受け側がなく,複数のファイルをコピーする場合,受け側をディレクトリとしてコピーする