プロジェクトのファイルをEclipse以外で操作して(例えばmvn cleanの実行)、
Eclipseのナビゲータ画面での表示と実際のファイルの状態が噛み合っていないときに、Eclipseでファイル検索(Ctrl+H)をすると、
「ファイル検索に問題が発生しました」というエラーが出て、場合によってはワークスペースが非常に重くなることがあるので注意が必要です。
ファイル検索をする前には、Eclipse以外で操作したファイルのあるフォルダをナビゲータ画面で右クリックしてリフレッシュする必要があります。
また、重くなってしまった場合には、Eclipseを再起動することやクリーン起動することで快適に動作するようになります。