GAEに限らず、なんらかのソフトウェアをEclipseにインストールする方法です。
まず、そのソフトウェアを提供するサイトへと飛び、インストール用のURLを入手します。
GAEの場合はhttp://dl.google.com/eclipse/plugin/4.3 となります(Eclipseのバージョンが4.3の場合)。
つぎに、Eclipseを起動します。そして、EclipseのソフトウェアインストールはなぜかHelpの中にあるので、「Insatall New Software」をクリックし、ダイアログを起動します。
するとダイアログ上部にURLを入力する箇所があるので、さきほどのURLを入力するとずらりとソフトウェアのリストが表示されます。そこからほしいものを選んだら、あとはひたすら「Next」を押していけば勝手にインストールをやってくれます。