MySQLのセーフモードを使うことで回避することができる。
以下Shell
service mysqld stop mysqld_safe --skip-grant-tables & mysql -uroot
以下MySQL
update user set password=PASSWORD("パスワード") where User='root'; quit
以下Shell
ps aux | grep mysql | grep -v grep | awk '{print "kill -9", $2}'|sh service mysqld start mysql -uroot -p
あとは先程設定したパスワードを入力するだけ