以下のように記述することでカスタムタクソノミーを初期状態(空)に戻せます。
<?php wp_set_object_terms( $post_id , null, 'taxonomy' ); ?>
参考:https://wpdocs.osdn.jp/%E9%96%A2%E6%95%B0%E3%83%AA%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%AC%E3%83%B3%E3%82%B9/wp_set_object_terms#.E6.8A.95.E7.A8.BF.E3.81.8B.E3.82.89.E3.81.99.E3.81.B9.E3.81.A6.E3.81.AE.E3.82.AB.E3.83.86.E3.82.B4.E3.83.AA.E3.83.BC.E3.82.92.E5.89.8A.E9.99.A4