/etc/cloud/cloud.cfg の設定で、
repo_upgrade: security
と設定されている場合、インスタンス初回起動時のセキュリティアップデートが自動で走ります。
この際に glibc パッケージが更新されると、変更済みにタイムゾーン設定を UTC に上書きされてしまいます。
この場合は、/etc/sysconfig/clock を
ZONE="Asia/Tokyo" UTC=False
と設定しておくことにより対応可能です。
また、自動セキュリティアップデートを停止したい場合は、/etc/cloud/cloud.cfg の設定で、
repo_upgrade: none
と変更しておきます。