ecllipseの環境設定でインデントや細かな半角スペースの挿入などを保存時に自動で行ってくれるように設定することができます。以下をたどっていけば設定できます。
環境設定->Java->エディター->保管アクション->「保管時に選択したアクションを実行」にチェック->適用
他にも追加アクションのチェックボックスにチェックを入れ、構成をクリックすると様々な整形・補完機能を使えるようになります(必要な際に自動で@Overrideを入れる、未使用のimport文を除去するなどなど)。
参考:eclipseのSave Actions(保管アクション)を設定する http://qiita.com/jabaraster/items/96a61e768b3d51909166
