scpコマンド

scp -i ~/hogehoge.pem -r ~/Downloads/Filename username@hogehoge:/リモートのコピーしたいディレクトリ

とするとローカルからリモートにファイルやディレクトリをコピーする事ができる。その時にパーミッションが異なるとエラーが出るのでchmodコマンドでディレクトリのパーミッションを同じにする必要がある。