よし、全部 Node 4.3 にしたぜ!と思っていたら依然としてこのようなメールが届きました。
どうやら、Lambda関数の過去バージョンで Node.js v0.10 が使われているものがあるとメールが来るようです。
Lambda Functionsの「Qualifiers」から対象となるVersionを選択、「Actions」から「Delete version」するといいようです。
なお、Aliasが設定されている場合には、
Aliasの削除→Versionの削除
の順番で行うといいようです。