以下のように切り抜きたい範囲を指定して、要素に指定することで指定した範囲でrect要素を切り抜けるようです。
//切り抜く範囲を指定 svg.append("clipPath") .attr("id", "clip-rect") .append("rect") .attr("x", 0) .attr("y", 0) .attr("width", width) .attr("height", height); //切り抜く要素にclip-pathを指定 svg.selectAll(".bar") .data(data) .enter().append("rect") .attr("clip-path", "url(#clip-rect)");
参考:Clipped Paths in d3.js (AKA clipPath)
Svg clip-path within rectangle does not work