Windows版MySQLでクエリログを出すには、
C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.6\my.iniの次の箇所
# General and Slow logging. log-output=NONE general-log=0 general_log_file="Query.log" slow-query-log=0 slow_query_log_file="slowQuery.log" long_query_time=10
を次のように書き換えて
# General and Slow logging. log-output=FILE general-log=1 general_log_file="Query.log" slow-query-log=0 slow_query_log_file="slowQuery.log" long_query_time=10
MySQLのサービスを再起動します。
出力されたクエリログはC:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.6\dataにあります。